全一卷。明代僧受登纂集。收於卍續藏第一二九冊。本書係根據藥師如來本願功德經而作之懺法書。旨在說明依藥師如來之誓願而離苦得樂之行法。內容包括：(一)定名，敘述藥師三昧名稱之緣由。(二)勸修，勸誡修習本三昧，則所求長壽、富饒、官位、男女等，皆得順遂。(三)方法，揭示供養藥師如來之方法。(四)釋疑，因當時西方往生之思想極為盛行，故作釋疑，以肯定本書為致福消災之要法及明心作佛之祕典。後世凡消災延壽之法事，多禮拜此懺，即今所謂之「藥師懺」。